Melchior Wańkowicz pochodził z rodziny ziemiańskiej herbu Lis, zasłużonej dla obrony polskości na Kresach. Jednym z jego krewnych był malarz romantyczny Walenty Wańkowicz, przyjaciel Adama Mickiewicza i autor jednego ze znanych portretów poety. Ojciec przyszłego pisarza, który za udział w powstaniu styczniowym został zesłany na Syberię, również miał na imię Melchior (był właścicielem majątku Kalużyce w powiecie ihumeńskim na Mińszczyźnie). Po powrocie z zesłania w 1875 Melchior senior ożenił się z Marią Szwoynicką, córką Konstantego z Nowotrzeb, z którą miał czworo dzieci – Czesława, Witolda, Reginę i Melchiora. Melchior – najmłodszy z rodzeństwa – urodził się w Kalużycach 10 stycznia 1892 (26 grudnia 1891 według kalendarza juliańskiego). Rodziców właściwie nie znał – ojciec Melchiora zmarł już w dwa miesiące po narodzinach syna, matka umarła w 1895, kiedy jej najmłodszy syn miał trzy lata. Po śmierci matki decyzją „rady familijnej” Melchior został oddany na wychowanie do majątku babki na Kowieńszczyźnie, co tak później opisał we wspomnieniowej książce Szczenięce lata, wydanej w 1934:
Po śmierci rodziców „opieka”, złożona z dwóch poważnych sąsiadów, wysłała mię, jako dwuletniego dzieciaka, z ojcowskich Kalużyc w powiecie ihumeńskim ziemi mińskiej – do majątku babki w Kowieńszczyźnie, „bo to, panie, odpowiedzialność chować chłopca przez guwernerów, a do tego jeszcze Melchiorowicza” [...] Majątek babki, matczyne Nowotrzeby, [...] dzierżony był od czterech pokoleń w rękach matriarchatu, tak się bowiem składało, że przechodził w linii kobiecej z matki na córkę, z babki na wnuczkę. A że dziedziczki żyły krzepko i długo, rękę zaś miały twardą i zwyczaje starodawne, zachował się w Nowotrzebach obyczaj żywcem przeniesiony z początków XVIII stulecia[1]
W 1903 został wysłany na naukę do Gimnazjum Pawła Chrzanowskiego (obecnie XVIII Liceum Ogólnokształcące im. Jana Zamoyskiego w Warszawie). Wcześnie zaangażował się w działalność polityczną. W 1905 wziął udział w strajku szkolnym, a w 1907 wstąpił do konspiracyjnej Trójzaborowej Organizacji Narodowej Młodzieży Szkół Średnich „Przyszłość”, popularnie określanej jako „Pet”; wraz ze Związkiem Młodzieży Polskiej „Zet” organizacja ta była podporządkowana Lidze Narodowej. W latach 1909-1910 Wańkowicz był sekretarzem generalnym „Pet-u”; w 1910 przewodniczył trójzaborowemu zjazdowi tej organizacji w Krakowie. Uczestniczył też wówczas w ogólnonarodowych obchodach 500. rocznicy bitwy pod Grunwaldem. W 1911 „wywrotowa” działalność gimnazjalisty Wańkowicza doprowadziła do jego krótkiego uwięzienia za spoliczkowanie łamistrajka Maklenburga.
Działalności politycznej Wańkowicza towarzyszyły najwcześniejsze próby literackie i dziennikarskie. Jego pierwszym utworem drukowanym była szarada opublikowana w 1906 w humorystycznym czasopiśmie szkolnym „Osa”; w 1907 próbował też redagować inne klasowe czasopismo satyryczne – wydawane nielegalnie „Aaaach”. Prawdziwym debiutem dziennikarskim Wańkowicza była jednak praca w założonym przez niego w 1909 konspiracyjnym piśmie „Wici”, do którego pisał pod pseudonimem Jerzy Łużyc; pseudonimem tym sporadycznie posługiwał się również w okresie międzywojennym i podczas wojny. Jako redaktor tego pisma przeprowadził nawet rozmowę z Romanem Dmowskim; wracał do niej później w swojej twórczości.