1) Jedną przyczyną jest to, że niektóre wirusy zbyt szybką mutują. Czyli mimo że uda się nam stworzyć skuteczną szczepionkę przeciw jednemu rodzajowi wirusa, to na jego miejsce w krótkim czasie pojawi się inna.
2) Niektóre grupy wirusów są tak zjadliwe, że wytworzenie wirusów w laboratorium staje się niemożliwe. Niszczą one środowisku, w którym są hodowane. (np wirus ptasiej grypy próbowano hodować podobnie jak wirus zwykłej grypy w kurzych jajach. Niestety ta odmiana niszczyła jajka nim udało się uzyskać odpowiednie próbki.)