Działalność górnicza w szerokim stopniu wpływa na środowisko przyrodnicze. Bezpośredni wpływ wiąże się przede wszystkim z przejmowaniem terenów rolniczych i leśnych na cele przemysłowe – w stopniu największym problem ten występuje w przypadku górnictwa odkrywkowego (węgiel brunatny). Z przejmowaniem gruntów na cele przemysłowe łączy się również konieczność przejęcia dodatkowych obszarów pod infrastrukturę komunikacyjną, składowiska odpadów itp. W wyniku eksploatacji złóż i odwadniania górotworu dochodzi do geomechanicznego i hydrologicznego przekształcenia gleb. Mechanicznie niszczą glebę przede wszystkim deformacje nieciągłe górotworu i powierzchni. Ich następstwem są specyficzne formy jak leje, progi, szczeliny, wyłączając uszkodzone w ten sposób gleby z jakiegokolwiek gospodarczego użytkowania. W efekcie zaburzenia równowagi górotworu może dojść do naruszenia warstw wodonośnych, czego skutkiem jest przesuszenie (jeżeli warstwa wodonośna została przerwana) lub zawodnienie (jeśli warstwa wodonośna nie została przerwana) gleb. Ten typ deformacji powierzchni terenu w Polsce występuje przede wszystkim na obszarze Górnośląskiego Zagłębia Węglowego.
Górnictwo węglowe ma znaczący udział w zanieczyszczeniu wód powierzchniowych, produkcji odpadów i zanieczyszczeniu powietrza. Słone wody dołowe odprowadzane są bez żadnego oczyszczania wprost do rzek, zanieczyszczając je już w początkowym biegu. Łączny ładunek soli, który dostaje się do rzek z polskich kopalni sięga 3 mln ton rocznie. Zasolenie rzek powoduje powstawanie wymiernych strat w postaci korozji i niszczenia infrastruktury gospodarki wodnej.
Górnictwo surowców energetycznych jest także źródłem ok.37% odpadów produkowanych co roku w Polsce. Gospodarczo wykorzystuje się jedynie około 64% powstających w górnictwie odpadów. Wydobywanie surowców energetycznych (przede wszystkim wentylacja kopalni) powoduje również skażenie powietrza.
Kolejnym etapem, na którym powstają zagrożenia dla środowiska przyrodniczego jest transport. Wzrost udziału motoryzacji w przewozie towarów powoduje zwiększenie się wielkości emisji zanieczyszczeń do powietrza, dotyczy to zwłaszcza wzrostu emisji tlenków azotu, tlenku węgla i pyłów. Transport samochodowy powoduje też powstawanie szkód innego rodzaju. Ruch ciężkich samochodów ciężarowych przewożących węgiel niszczy drogi, powodując powstawanie kolein, co wraz ze wzrostem liczby poruszających się samochodów zwiększa ryzyko wypadków.