Paprotniki są bardzo starą grupą roślin. Przodkowie paprotników pojawili się w erze paleozoicznej na przełomie syluru i dewonu, około 420 milionów lat temu. Były to pierwsze rośliny lądowe, u których występowała wzniesiona pionowo łodyga, a w jej centralnej części znajdowała się wiązka przewodząca wodę, złożona z martwych komórek. Przedstawiciele to: Rhynia, Psilophyton, Asteroxylon. Są to rośliny wymarłe.