Akcja książki "W pustyni i w puszczy" rozgrywa się pod koniec XIX wieku w Północno-Wschodniej Afryce. Głównymi bohaterami są Polak - Staś Tarkowski oraz jego przyjaciółka - Angielka Nel Rawlison.
Obydwoje dzieci samotnie wychowuja ojcowie. Stasia inżynier Władysław Tarkowski, a Nel pan Rawlinson, który także jest inżynierem i nadzorują budowę Kanału Sueskiego.
Podczas nieobecności ojców dzieci zostały pod opieką pani Oliwier. Po Świętach Bożego Narodzenia dzieci zostają Uprowadzone przez Hamisa, który działał na polecenie Fatmy. Porwano Stasi i Nel ponieważ mieli oni zostać wymienieni za Fatmę i jej dzieci ,która była żoną Smaina, wobec której zastosowano areszt domowy . Dzieci zostają wywiezione do El garach. Z tamtąd karawaną ruszają przez pustynię . Rozpoczyna się szaleńcza jazda . Gdy ojcowie dowiadują się, że w umówionym miejscu nie ma ich dzieci orientują, że jest to porwanie .
Wyznaczona jest wysoka nagroda za ich odnalezienie , ale sami też wyruszają na poszukiwanie dzieci . W czasie porwania dzieciom towarzyszy pies o imieniu Saba , którego Nel dostała od ojca w prezencie . Podczas jazdy przez pustynię dzieci zostawiały po sobie ślady , zostały one wykryte przez Gebra , który wymierzył dzieciom karę . Następnego dnia karawana ruszyła w dalszą drogę,dokuczał im upał i zarządzono postój . Dzieci na swojej drodze napotykały to raz ulewny deszcz to zaś burzę piaskową . Ale mimo wszystko Staś myślał nad drogą ucieczki . Za co dzieci na każym kroku były karane chłostą i biciem .
Porwanie to było starannie zaplanowane gdyż na ich drodze w rozpadlinach skalnych Beduini znajdowali pożywienie . Hamis stawał w obronie dzieci mówiąc , że są własnością Smaina i nie może im spaść włos z głowy . Zmęczenie dzieci było tak duże , że w czasie podróży przez pustynię dzieci doznawały fatamorgany, wobec czego zadecydowano , że będą podróżować w nocy a odpoczywać w dzień . Zaczeło brakować żywności . Staś zaczął wątpić czy pomoc nadejdzie gdy dowiedział się o zdobyciu Chartumu i odwrocie Anglików. Wymyślał różne sposoby aby uciec.
W czasie podróży zaczął zmieniać się krajobraz pojawiła się zieleń i olbrzymie drzewa nabaku . Wkroczyli do kraju Mahdiego. Wśród mieszkańców przeważali teraz murzyni . Odpoczęli u Emira Tadhila i wyruszyli w dalszą drogę przeprawiając się przez rzekę. Dotarli do Omdurmanu, gdzie spotkali Greka , który dał im suszone daktyle i obiecał wspomnieć o nich Mahdiemu. Dzieci przerażone były tym co tam zobaczyły. Na bambusie wkopanym na środku rynku zatknięta była głowa generała Gordona . Staś zaczynał wątpić w pomoc Anglików . Jedyną ich nadzieją było spotkanie z Mahdim i zmiana wiary inaczej czeka ich śmierć.
Gdy stanęli przed Mahdim Staś nie pokłonił się jemu i nie przyjął jego wiary. Idrys rozchorował się przez co dzieci zaczęły głodowa