Żołnierze Wehrmachtu i funkcjonariusze SS urządzali na ulicach łapanki, wyciągali ludzi z mieszkań i pod groźbą użycia broni pędzili w wyznaczone miejsca koncentracji, m.in. plac przed katedrą, ulica Strażacka, obecny plac Biegańskiego oraz plac Daszyńskiego. Przed katedrą strzelano w zbity tłum ludzi z karabinów maszynowych, przed ratuszem zabijano pojedynczymi strzałami w głowy, do mordów doszło również na terenie szpitala wojskowego oznaczonego flagą Czerwonego Krzyża. Tysiące osób zostało uwięzionych w więzieniu na Zawodziu oraz w kościołach, które zostały sprofanowane, gdyż załatwiano tam potrzeby fizjologiczne.
W wyniku ekshumacji, przeprowadzonej na zlecenie stadthauptmanna Richarda Wendlera przez urzędnika polskiego Zarządu Miejskiego Bolesława Kurkowskiego między lutym a kwietniem 1940, wydobyto 227 zwłok: 194 mężczyzn, 25 kobiet i 8 dzieci; 205 Polaków i 22 Żydów. Bilans ten nie zamyka jednak liczby ofiar „krwawego poniedziałku”, gdyż ekshumacji nie przeprowadzono w miejscach pochówku, które były wówczas zajęte przez Niemców (koszary 27 pp i 7 pal, lotnisko), a w niektórych przypadkach ciała zabitych zostały wcześniej zabrane przez rodziny. Zwłoki ekshumowane pochowano na cmentarzu Kule. Całkowitą liczbę ofiar zdarzeń 4 września 1939 szacuje się na 300–500 osób.