Punktem zwrotnym „Potopu” staje się obrona Jasnej Góry. Jest ona symbolem oporu wobec niezwyciężonej armii szwedzkiej i przełamaniem jej potęgi. Polacy, jako katolicy, nie mogli pozwolić, aby protestanci zbezcześcili święte miejsce. Zawierzyli się Matce Boskiej i znaleźli w niej oparcie, którego im brakowało. Jasna Góra stała się punktem odniesienia dla konfederatów, a coraz więcej szlachty przyłączało się do powstańczych oddziałów. Zjednoczony zwycięstwem naród nabrał sił do walki i wiary w całkowitą wygraną.
Rozpoczął się drugi etap walk w których partyzanci pod wodzą Stefana Czarnieckiego sukcesywnie osłabiali Szwedów (m in napadając na tabory z żywnością – wygłodzeni Szwedzi, tracąc wolę do walki, chcieli powrotu do domu). Wprowadzając historyczną postać Czarnieckiego i obdarzając ją cechami nadludzkimi autor przedstawił wzorzec patrioty dla ludzi XIX wieku.
Pisząc „Potop” Sienkiewicz chciał przypomnieć pokoleniu przytłoczonemu klęska powstania styczniowego i skłonnemu do rezygnacji z niepodległości, że w historii Polski bywały bolesne klęski, ale po nich przychodziły dni zwycięstwa i chwały, jeśli duch rycerski i wiara w narodzie nie gasła.
Jego wizja historii różniła się od stanowisk ówczesnej historiografii – była to wizja optymistyczna, która przypominała chwile minionej chwały, przykłady ocalenia z nieuchronnej pozornie zagłady, odbudowywała duszę narodu, potępiała zdradę, budziła wiarę, że naród o takiej przeszłości ma ogromną siłę. W tej wizji po stronie Polaków zawsze był Bóg, więc odzyskanie wolności było tylko kwestią czasu.
Autor eksponował triumfy oręża polskiego, bardzo dokładnie je opisując, a pomijał lub tylko wspominał przegrane starcia.
Podkreślał, że historia nie jest tworzona jedynie przez wielkich tego świata, ale również przez jednostki (takie jak Kmicic, Wołodyjowski czy Zagłoba).
Sienkiewicz odszedł w powieści od realizmu i naturalizmu ku wyobrażeniom romantycznym, bo „powieść historyczna nie tylko nie potrzebuje być poniewieraniem prawdy, ale może być jej objaśnieniem i dopełnieniem. Ona powlecze odpowiednią barwą szare mury wzniesione przez historię.” (H. Sienkiewicz). Historię potraktował jako tworzywo literackie.
Czytelnik „Potopu” nie doznaje wrażenia że w tej wojnie odnieśliśmy jakieś poważne straty, które będą miały skutki w przyszłości naszego narodu.
Wizja wojny i bitew wyklucza cierpienie i udręki, nad okropnościami szybko przechodzi się do porządku, trup pada gęsto (zwłaszcza nieprzyjaciół), ale nie ma mowy o rozkładających się ciałach. Drastyczne sceny znęcania się i tortur pamiętamy raczej jako interesujące przygody. O zmęczeniu, głodzie i chorobach nie ma prawie w ogóle mowy. Bitwy pozostają nam w pamięci jako wspomnienie groźnego, ale podniecającego piękna.
Taki sposób przedstawienia zdarzeń uwydatnił bardziej główne przesłanie utworu, które streszcza toast Zagłoby wzniesiony podczas wesela Kmicica: ”... nie ma takowych terminów z których by się viribus unitis (wspólnymi siłami) przy boskich auxiliach (pomocy) podnieść nie można.” Najważniejszy jest patriotyzm oraz narodowy solidaryzm, tak charakterystyczny w historii Polski.