Polskie Państwo Podziemne miało wszystkie władze centralne (prezydent, premier, ministerstwa, sądownictwo) na emigracji. W państwie podziemnym można wyróżnić III zasadnicze struktury. Pierwszą była struktura wojskowa – był to punkt wyjścia dla polskiego państwa podziemnego. Pierwszą organizacją była tu Służba Zwycięstwu Polski (SZP) z gen. Michałem Karaszewiczem – Tokarzewskim na czele. SZP działała do XII 1939, a w jej skład wchodzili w dużej mierze oficerowie sanacyjni. W XII nastąpiła zmiana i w miejsce SZP pojawia się Związek Walki Zbrojnej (ZWZ). Komendę Główną ZWZ objął gen. Sosnkowski. W ZWZ dowódcami zostawali ludzie słabiej związani z sanacją. Do ZWZ przyjmowano również ludność cywilną. W 1942 roku ZWZ zostaje przemianowany na Armię Krajową (AK). AK miała być prawdziwym zapleczem wojskowym dla rządu londyńskiego powołanym do walki z Niemcami. Największe zasługi AK są związane z działalnością wywiadowczą. Wywiad AK działał nie tylko na ziemiach polskich, ale także poza granicami kraju. Do jednej z najsłynniejszych siatek należał wiedeński „Stragan”. Komendant AK odpowiadał przed Naczelnym Wodzem PSZ. Funkcję Komendanta AK pełnili kolejno: gen. Stefan Rowecki „Grot”, Tadeusz Bór – Komorowski, gen. Leopold Okulicki „Niedźwiadek”. Drugą strukturą była struktura polityczna. Było to zaplecze polityczne zawiązane z grup, które przed wybuchem wojny znajdowały się w opozycji wobec sanacji (Stronnictwo Narodowe, Stronnictwo Ludowe, Stronnictwo Pracy, Stronnictwo Demokratyczne, część PPS (PPS – Wolność, Równość, Niepodległość). Najważniejszy była w tej strukturze Rada Jedności Narodowej (RJN) z Kazimierzem Pużakiem na czele RJN była podziemnym, 17-osobowym parlamentem, miała kompetencje doradcze, przedstawiała swe opinie w sprawach wnoszonych przez Delegata Rządu. 15 III 1944 RJN wydała deklarację programową „O co walczy naród Polski”. Był to program reform demokratycznych, gospodarczych i społecznych. Zapowiadano przebudowę ustroju rolnego i uspołecznienie kluczowych gałęzi przemysłu. Warto zaznaczyć, iż w czasie wojny wszystkie ugrupowania polityczne przechodziły ewolucję programową. Większość krytykowała sanację, obwiniając polityków sanacyjnych o nieudolne kierowanie państwem i klęskę Polski w kampanii wrześniowej. Trzecią strukturą państwa podziemnego był pion administracyjny. Od 1940 funkcjonowała Delegatura Rządu na Kraj. Delegat stał na czele aparatu Delegatury rządu, na który składały się centralne instytucje administracji podziemnej (tzw. Departamenty) oraz władze lokalne. Na ich czele stali lokalni Delegaci Rządu. Delegat Rządu był najwyższym reprezentantem władzy państwowej na terytorium kraju. Pierwszym Delegatem Rządu na Kraj był Cyryl Ratajski, a po nim kolejno Jan Piekałkiewicz, Jankowski. W Warszawie utworzono wszystkie ministerstwa istniejące przed wojną. Najważniejsze to: Departament Spraw Wewnętrznych, Departament Sprawiedliwości, Departament Oświaty i Kultury, Departament Skarbu. Powołano także nowe ministerstwo – Ministerstwo Ziem Odzyskanych, które funkcjonowało od 1943 roku. Tworzono siatki administracji terenowej. Powstało także dobrze rozwinięte szkolnictwo podziemne. Tajne nauczanie było bardzo dobrze rozwinięte na terenie GG, w innych rejonach możliwości prowadzenia tajnego nauczania były bardzo ograniczone. Wydawano polskie pisma – najważniejsze to „Biuletyn Informacyjny” i „Rzeczpospolita”.
